해외 공사 기계·배관설치를 하도급하면서 부가가치세 일반세율 세금계산서를 받아 매입세액을 공제했는데, 나중에 영세율 대상이라며 수정세금계산서가 발급되면 매입세액을 토해 내야 할까요. 공급자가 세액을 체납한 기간에 대해서까지 가산세를 물어야 할까요.
대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결은 본세(수정세금계산서에 따른 매입세액 불공제)는 유지하면서, 가산세 부분에 대해서는 정당한 사유를 더 심리해야 한다고 보아 그 부분만 파기환송했습니다.
사건번호
2026두30500 (경정거부처분취소의소 — 가산세 부분 파기환송, 나머지 상고기각)
제목
국외공급 용역에 일반세율을 적용한 세금계산서의 수정발급 가부와 매입세액 공제 후 가산세를 면할 정당한 사유가 문제 된 사건
판결요지
부가가치세법 제32조 제7항, 시행령 제70조 제1항 제9호는 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우를 수정세금계산서 발급사유로 정합니다. 국외에서 공급하는 용역에 영세율이 적용되는데 일반세율(10%)로 세금계산서를 발급한 것은 세율 오적용에 해당하므로, 영세율로 바로잡는 수정세금계산서 발급은 적법합니다.
세법상 가산세는 정당한 이유 없이 신고·납세 등 의무를 위반했을 때 부과하는 행정 제재입니다. 법률의 부지나 오해를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해 대립이 있는 등으로 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니거나, 의무 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 있으면 제재를 과할 수 없습니다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 등 참조).
국세청 집행기준은 법규가 아니어서 그와 다른 과세처분이 그 점만으로 위법하지는 않습니다. 다만 가산세 면제의 정당한 사유를 판단할 때에는, 영세율 대상인데도 일반세율로 거래하면서 공급자가 세액을 국가에 납부하면 매입세액 공제를 사실상 용인하는 집행기준이 있었고, 공급자의 체납을 인식·예견할 수 있었는지 등을 살펴 매입세액 공제를 스스로 포기할 것을 기대할 수 있었는지를 심리해야 합니다.
사실관계
원고는 오만·카타르 공사를 수급하여 기계·배관설치공사를 소외 회사에 하도급했습니다. 소외 회사는 과세대상임을 전제로 2017. 4.경부터 2020. 10.경까지 부가가치세 합계 2,428,667,043원의 세금계산서를 발급하고 그 상당액을 지급받았습니다. 2017년 제1기부터 2018년 제2기까지는 납부했으나, 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지는 체납했습니다.
소외 회사는 2021. 7. 7. 영세율로 수정한 세금계산서를 발급하고 경정청구를 했고, 역삼세무서장은 이를 받아들여 환급금을 체납세액에 충당한 뒤 잔액을 지급했습니다.
원고는 당초 세금계산서상 세액을 매입세액에 산입했다가, 피고의 수정신고 요청에 따라 2021. 8. 30. 매입세액 상당액과 가산세 631,939,311원을 납부한 뒤 경정청구를 했으나 거부되었습니다. 조세심판원은 2017~2018년 과세기간 부분은 조세탈루가 없어 수정세금계산서를 발급할 수 없다며 거부처분을 취소하고, 2019~2020년 부분은 세율 착오로 수정발급이 가능하다며 기각했습니다. 이 사건 처분은 기각된 부분입니다.
원심은 이 사건 용역이 국외공급으로 영세율 대상인데 일반세율로 발급한 것은 세율 오적용이어서 수정세금계산서가 적법하고, 가산세를 면할 정당한 사유는 단순한 법률 부지나 오해에 불과하다고 보았습니다.
판단
본세에 관한 원심 판단, 즉 영세율 오적용에 따른 수정세금계산서 발급이 적법하고 시행령 제70조 제1항 제5호 각 목의 발급 제한 사유가 없다는 판단에 법리오해가 없습니다.
가산세에 관하여는 달리 보아야 합니다. 거래의 기본 전제는 소외 회사가 부가가치세 상당액을 징수·납부하고 원고가 매입세액을 공제받는 것이었고, 이는 영세율 대상인데도 일반세율 세금계산서를 발급·신고·납부하면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않고 매입세액을 공제한다는 부가가치세 집행기준 60-0-19에 기초한 것입니다. 소외 회사가 납부한 2017~2018년 기간처럼, 2019~2020년에도 납부했더라면 집행기준상 공제가 용인되어 이 사건 처분도 없었을 것으로 보입니다. 원고가 체납 시작 이후에도 부가가치세 상당액을 계속 지급한 점 등을 보면, 체납을 인식·예견하지 못했을 가능성을 배제할 수 없습니다.
원심은 체납 예견 가능성과, 매입세액 공제를 스스로 포기할 것을 기대할 수 있었는지를 더 심리했어야 합니다. 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하여 부산고등법원으로 환송하고, 나머지 상고는 기각했습니다.
출처: 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결
