세무조사 결과통지 후 과세전적부심사를 거치지 않고 한 부가가치세 부과가 이의신청으로 취소되면, 과세관청은 같은 조사 내용으로 결과통지를 다시 하고 동일한 세액을 재부과할 수 있을까요. 그 재통지가 법정 통지기한을 넘겼거나, 적부심사 결정 통지 전에 재처분을 했다면 위법할까요.
대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결은 재처분이 가능하고, 이 사건 처분이 위법하지 않다고 보아 상고를 기각했습니다.
사건번호
2026두30542 (부가가치세부과처분 무효 확인 등 청구의 소 — 상고기각)
제목
과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 절차상 하자가 있어 당초 처분을 취소한 후 그 절차적 하자를 보완하여 동일한 내용의 재처분을 할 수 있는지 여부가 문제 된 사건
판결요지
세무조사 결과 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그 결정 전에 한 과세처분은, 특별한 사정이 없으면 납세자의 절차적 권리를 침해하여 하자가 중대·명백하므로 무효입니다.
그러나 과세관청은 부과제척기간 안에서 결정·경정할 수 있으므로, 당초 처분에 적부심사 기회 미부여의 절차상 하자가 있어도 제척기간이 남아 있으면 당초 처분을 취소한 뒤 그 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 하는 것은 원칙적으로 허용됩니다.
세무조사 결과 통지기한을 넘긴 통지는 원칙적으로 그 조사에 기한 과세처분을 위법하게 합니다. 다만 당초 처분이 적부심사 기회 미부여로 취소된 뒤, 그 기회를 주기 위해 재통지하고 납세자가 실제로 적부심사를 청구해 방어권을 행사했다면, 통지기한 도과는 재처분을 다시 취소할 정도의 절차 상실에 이르지 않는 특별한 사정에 해당할 수 있습니다.
과세전적부심사가 청구되면 과세표준·세액 결정은 ‘결정’이 있을 때까지 유보하면 되고, 그 결정이 청구인에게 송달될 때까지 유보해야 하는 것은 아닙니다.
사실관계
원고는 2016. 4. 22. 부가가치세 면세사업자(주택신축판매업)로 등록한 뒤 오피스텔 52호를 신축·분양하고 2016. 12. 31. 폐업했으며, 2016년 제1기·제2기 부가가치세를 신고하지 않았습니다.
인천지방국세청장은 2022. 5. 9.부터 같은 달 28.까지 개인통합조사를 실시하여, 오피스텔 공급이 조세특례제한법상 국민주택 공급에 해당하지 않는데도 매출 부가가치세를 무신고했다고 보고 조사결과를 통지했습니다. 피고는 적부심사 기회를 주지 않은 채 2022. 5. 27. 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원을 결정했습니다.
원고의 이의신청에 따라 조사청은 2023. 3. 8. 적부심사 기회 미부여의 하자가 중대·명백하다는 이유로 인용했고, 당초 처분은 취소되었습니다. 조사청은 2023. 10. 16. 같은 조사결과를 재통지했고, 원고는 2023. 11. 10. 적부심사를 청구했으나 2023. 12. 20. 불채택되었습니다. 피고는 2024. 1. 8. 같은 세액(가산세 포함)을 결정·고지했습니다.
판단
재통지는 세무조사를 마친 날부터 국세기본법 제81조의12 제1항의 통지기한을 지났습니다. 그러나 당초 처분의 취소 이유는 적부심사 기회 미부여였고, 재통지는 그 기회를 주기 위한 것이었습니다. 원고는 통지를 받은 뒤 자발적으로 적부심사를 청구하는 등으로 의견을 내고 방어권을 실질적으로 행사했습니다. 통지기한 도과만으로 재처분을 다시 취소하고 과세예고를 새로 할 필요는 없고, 이를 용인할 특별한 사정에 해당합니다.
국세기본법 제81조의15 제4항과 시행령 제63조의15 제4항은 적부심사의 ‘결정’과 ‘통지’를 구별하고, 유보 시한을 결정이 있을 때까지로 정합니다. 피고는 2023. 12. 20. 결정이 있을 때까지 처분을 유보한 뒤 이 사건 처분을 했으므로, 그 이후 결과가 송달되었다고 하여 처분이 위법하지는 않습니다.
상고를 기각하고, 상고비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
출처: 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결
